Το Τμήμα ΗΜΜΥ συμμετέχει στα παρακάτω Διατμηματικά και Διευρωπαϊκά Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών:
I. Διατμηματικά προγράμματα μεταπτυχιακών σπουδών
- Διατμηματικό ΠΜΣ στην Τεχνολογία Προηγμένων Υλικών
- Διατμηματικό ΠΜΣ στην Ιατρική Πληροφορική
- Διατμηματικό ΠΜΣ στην Προστασία, Συντήρηση και Αποκατάσταση Έργων Πολιτισμού
- Διατμηματικό ΠΜΣ στα προηγμένα συστήματα Υπολογιστών και Επικοινωνιών
- Διατμηματικό ΠΜΣ Βιοϊατρική Μηχανική
- Διατμηματικό ΠΜΣ στις Επιστήμες της Αγωγής – Τεχνολογίες Μάθησης